All'interno della Malatestiana, sul muro di fondo, venne posta la lapide che era un tempo sul fianco della chiesa di san Francesco per indicare il luogo della sepoltura di Malatesta Novello. Nel manoscritto di Carlo Antonio Andreini è riportato uno schizzo e la descrizione di quella prima ricognizione: rimossa nel 1811 la lapide e l'urna murata dietro, entrambe vennero poi posizionate nell'aula del Nuti.
Nel 2018 è stata decisa una nuova ricognizione, nella speranza di poter far luce, grazie alle nuove conoscenze e tecnologie, sul contenuto dell'urna. Rimossa la lapide e aperto il contenitore, dopo una serie di accuratissimi esami si è potuto stabilire che i resti non sono del Signore di Cesena, bensì di una persona - probabilmente sempre di alto livello sociale - deceduta quasi due secoli prima di Malatesta Novello.
Come previsto perchè raccontato dalle vecchie cronache, nell'urna sono stati trovati anche due documenti, inseriti in tubi metallici, che attestano precedenti esumazioni ed esami, uno del 1812 (narrato da Andreini) e l'altro del 1905, entrambi ora esposti nel corridoio che conduce alla Malatestiana.
Vicino ai documenti, in una seconda teca espositiva, è visibile il reperto forse più interessante trovato nell'urna: una coppia di suole, nelle quali sono ben visibili i segni delle cuciture che le fissavano alle calze. Le "calze solate" sono calzature tipiche del Medioevo e ancor più del Rinascimento e queste sono state datate proprio agli anni di Malatesta Novello. Anche se non ci sono certezze, è suggestivo pensare che fossero proprio le sue.
