Sappiamo che la chiesa di san Francesco ospitava molte opere d'arte, in gran parte andate disperse poco prima della demolizione dell'edificio, a causa delle requisizioni napoleoniche ma anche di vendite e permute. Tra il poco che si è conservato tra mille traversie c'è però un tesoro, ora ospitato nella Pinacoteca Vaticana: la tela del Guercino che raffigura Santa Margherita da Cortona.

Alcuni anni fa, nel 2009, il dipinto è momentaneamente ⇒ tornato a Cesena ed è stato possibile ammirarlo all'interno di una importante esposizione.